La Facultad de Ingeniería de Sistemas inició sus labores en 1985 con la apertura del Programa de Ingeniería de Sistemas presencial. Actualmente, ofrece los programas de Ingeniería de Sistemas y Computación en las metodologías presencial y a distancia y la Especialización en Ingeniería del Software.

La Universidad es miembro de la Red Nacional de Programas de Ingeniería de Sistemas y Afines, REDIS y la Facultad hace parte del Capítulo de Ingeniería de Sistemas de la Asociación de Facultades de Ingeniería, ACOFI.