La sede principal del programa de Maestría en Ingeniería Física es la Sede Circunvalar de la UAN en Bogotá D.C. Los dos primeros semestres han sido programados para llevarse a cabo en la ciudad de Bogotá, los dos siguientes (coincidiendo con el comienzo de las líneas de investigación y profesionalización) tienen un carácter flexible. Esta flexibilidad esta asociada a la elección de línea, se considera la movilidad hacia otras sedes de la UAN donde se encuentran los coordinadores de línea, mas no quiere decir la totalidad de sus integrantes, esta elección depende totalmente del interés del estudiante y plan de formación acordado. El estudiante tendrá la libertad de proponer ante el consejo de programa, bajo tutoría del coordinador de línea y temática de interés, la sede (o lugar) donde realizara su periodo de investigación y/o profesionalización (Medellín → Línea OTA, Tunja → Línea ATAM, Bogotá → Demás líneas). Las pasantías debidamente solicitadas y aprobadas ante el consejo de programa, solo pueden llevarse a cabo en ciudades donde se encuentren sedes de la UAN, entidades asociadas o redes de colaboración debidamente acreditadas bajo acuerdo firmado con la UAN.

El trabajo de fin de Maestría se presentara y defenderá, sin excepción alguna, en la Facultad de Ciencias de la UAN (sede circunvalar, Bogotá D.C). El trabajo será juzgado por un tribunal imparcial y experto en la materia (compuesto por tres personas), propuesto por el estudiante, tutor y coordinador de línea, y debidamente aprobado por el consejo de programa. La defensa se hará en acto público con la respectiva divulgación en tablón de anuncios de las distintas sedes de la UAN involucradas en el programa.