La sede Quibdó inició labores en el año 1996, bajo la Rectoría del doctor Antonio Losada Márquez y como resultado de las gestiones del doctor Ricardo Losada y el señor Eduardo Moreno Martínez. El primer director de sede fue el señor Alfonso Moreno Martínez. 

Se inició con la apertura de los siguientes programas: Especializaciones en Computación para la Docencia, Educación Sexual y Educación para la Salud; y la Tecnología en Sistematización de Datos. El día 22 de septiembre de 1997 inaugura su sede propia y continúa con los programas abiertos que ya incluían Derecho y Contaduría.

Al inicio y hasta el año 2001, la sede contó con un “auxilio sede Quibdó” equivalente al 30% del valor de matrícula y crédito automático para los estudiantes; esto, unido al hecho de ofrecer programas con alta demanda como la tecnología en sistemas, derecho y contaduría, así como las licenciaturas y las especializaciones, correspondía a las expectativas y posibilidades de la región lo que generó cierto “auge” para la Universidad. Así, la UAN fue pionera en la formación de los especialistas en computación que cualificaron notablemente la labor de los docentes y posibilitó la profesionalización de los docentes de la zona rural con sus programas vacacionales.

La sede Quibdo cuenta con 750 egresados, aproximadamente, en los programas de: Licenciatura en Educación Bbásica Primaria, Licenciatura en Matemáticas y Computación, Licenciatura en Educación Preescolar, Tecnología en Sistematización de Datos, Ingeniería de Sistemas, Derecho, Contaduría, Psicología; y en las especializaciones en: Computación para la Docencia, Educación Sexual, Pedagogía de la Literatura Infantil, educación bilingüe, educación para la democracia, economía internacional, administración pública, finanzas, ciencias fiscales, auditoría de sistemas. En el seguimiento que se realiza a los egresados se logra establecer que, al menos, el 80% de ellos se encuentran laborando en el campo profesional en el cual se formaron.

Durante sus quince años de existencia ha contado con siete directores de sede y ha generado empleo directo para un promedio de 30 personas semestralmente durante estos 15 años.

Actualmente la Universidad tiene la representación de las universidades privadas en los comités, municipal de Quibdó y departamental del Chocó, de formación docente; también preside la red de formación para el trabajo cuya secretaría técnica corresponde al SENA y cuenta como una de las labores importantes que ha desarrollado en la comunidad, la de haber ejecutado la segunda etapa del concurso especial para etnoeducadores afrocolombianos adelantado por el Ministerio de Educación Nacional y la Gobernación del Chocó.